Merauke - e-Court adalah layanan bagi Pengguna Terdaftar untuk Pendaftaran Perkara Secara Online, Mendapatkan Taksiran Panjar Biaya Perkara secara online, Pembayaran secara online dan Pemanggilan yang dilakukan dengan saluran elektronik. Dalam hal pendaftaran perkara Online, saat ini selain dikhususkan untuk Advokat namun seiring terbitnya Peraturan Mahkamah Agung Nomor 01 Tahun 2019 menyatakan bahwa Non Advokat juga dapat mengajukan perakaranya secara online. Untuk Advokat, Pengguna terdaftar setelah mendaftar dan mendapatkan Akun, harus melalui mekanisme validasi Advokat oleh Pengadilan Tinggi tempat dimana Advokat disumpah, sedangkan pendaftaran dari Pribadi/Perseorangan harus dilakukan di Pengadilan dimana ia akan berperkara, setelah mendapatkan validasi oleh Pengadilan tersebut, maka dapat melanjutkan untuk berperkara secara online.

Pengadilan Agama Merauke telah melaksanakan e-Court sejak Juli 2019 hingga sekarang.Pelaksanaan e-Court pada Pengadilan Agama Merauke sejauh ini telah berjalan lancar.

Dengan adanya e-Court, para pihak yang berperkara pada Pengadilan Agama Merauke  sangat terbantu, karena biaya lebih yang lebih murah dan beberapa keunggulan lainnya seperti, menghemat waktu dalam proses pendaftaran perkara, pembayaran biaya panjar yang dapat dilakukan dalam saluran multi chanel atau dari berbagai metode pembayaran dan bank, dokumen terarsip secara baik dan dapat diakses dari berbagai lokasi dan media, proses temu kembali data yang lebih cepat.